在这期间李自成和李鸿业也和重臣们多次聚在一起商讨原因和得失，最后综合分析认为，这其中虽然有朝廷锦衣卫蛊惑的原因在，但是主要的还是出在自身的问题；
首先是官员方面，由于顺军地盘扩张太快，归顺的官员又太多，自身官员储备不足，对于地方上的控制力度不够。
也可以说只是单纯的军事占领，好多主动归降的官员没有得到应有的嘉奖和晋升，只是进行了平调甚至有的还被降级了，而且出了军中，文官阶层的高层清一色的都是李自成的亲信旧臣，新降之人一个都没有，有些官员对新势力信心不足又看不到晋升的希望，才重新倒向了明廷。
一部分是因为自身家族在大明境内，被胁迫的不得已而听从锦衣卫的安排，这部分人倒是情有可原。
还有一部分是和本地大族有着千丝万缕的联系，为了获得更多的利益而铤而走险的，这些官员也不在少数。
至于那些大族纯属就是因为官府推行新政，动了自己的蛋糕，觉得利益受损而心存怨恨，明面上又无法反抗才会鬼迷心窍的转投明廷。这些大族真的是死的一点都不冤。李自成等对他们也是没有丝毫的怜悯。
无论任何时候，想要稳固政权就要能够在达到自己施政目标的前提下尽量平衡各方面的势力，任何一方得不到平衡那么造成的结果不是政权被推翻就是失衡的一方被血腥镇压。
认识到自己安排上出现失误的李自成，立刻就做出了调整，首先将原凤翔知府熊应元调任中央，入阁参政，凤翔知府的位置也由降官接任。
同时为了安抚众官员和那些世家大族，李自成还发布嘉奖令，对他们能在危机时刻仍然恪尽职守，安守本分表示肯定和赞扬，所有官员升一级酌情重用；
许给每个家族可以不用通过科考而推举一名德才兼备的后辈到顺侯府任职，同时放开除了铜铁粮之外所有的经商禁令！允许自由贸易。
那些空缺出来的官职，由这些推举上来的人和科试上榜那些举人接任。为了增加人才储备，张榜宣布三个月之后会组织第二次科考，让士子们安心读书，不要操心外边乱七八糟的事情。
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