北方的清军通过山西残存的晋商，知道了国内形式，开始不断袭击明朝，明廷迫于压力，只好将国内的洪承畴调走，本来大好的局面崩溃，李自成重新拉拢队伍，投降的农民军降而复叛，国内又落入一片乱象。
杨铨这时已经顾不上国内的情况，此时陕西境内大型的水利设施开始施工，对于省内开始整顿吏治，对于现有的明军武器装备开始整合发展。对新增的军队开始严格训练，对于训练好的军队，设为教导队，分散到各新兵队伍里，以老带新军队也迅速恢复战斗力。
不过此时杨铨没有放弃邻省，开始安排不少军队零散进入四川甘肃等地，对于西部的游牧地区开始有规划的进攻，为的是获取大量的养马地。另外值得一提的，则是本来进入四川的张献忠，被杨铨的军队无意中击毙，历史上一代枭雄，落得如此下场，倒是让杨铨一阵唏嘘。
不过虽然张献忠虽然死了，可历史的惯性一如既往的强大，随着洪承畴投降清廷，朝廷开始岌岌可危起来，农民军如历史上那般，重新围困京师，明朝精锐的禁军，却因为瘟疫的原因基本上丧失了战斗力，在明朝官吏的里应外合下，农民军轻而易举的攻入了北京城。崇祯皇帝杀死皇后等人后，本来也想杀死公主，不过好在朱秀清早就将长平公主带了出去，不过此时城内混乱，哪怕是朱秀清在京城布置多年，也难以逃出，恰在此时，杨铨派来寻找朱秀清和朱慈烺的队伍，寻到朱慈烺后，又找到了了朱秀清，带着他们逃出京师，不过此时李自成已经知道有人逃走，接连派出军队阻击，杨铨的军队死伤过半，半路上碰到了带领军队勤王的杨铨，这才安全下来。
不过此时北京城中，皇宫也被攻破，崇祯皇帝吊死在煤山，陪着他的只有王承恩。
李自成成功进入北京，明廷大部分文官麻利的改弦易张的投靠李自成门下，杨铨则将逃出北京城的官员收入麾下，逃出来的不敢说多对明廷忠诚，但好歹比那些翻脸比书快的高官好些。
李自成登基称帝，除了派出军队开始进攻驻扎在山西的杨铨，竟然对山海关准备投降的明军毫无动作，并且还断了山海关的粮饷。
至此，山海关明军合并清军，攻入关内。
在京城醉生梦死骄奢淫逸的众多农民军，这才回过神来，带领队伍拦截清军。不过军机败坏下的农民军，怎么会是清军的对手？只是一个照面，农民军狼狈而退，接着京城也被清军攻破。
闯军狼狈而逃，本来想向西，重新回山陕，奈何杨铨新组建的陕军堵住去路，不过好在杨铨没有赶尽杀绝，让农民军向南逃走，待闯军如丧家之犬般逃入河南，杨铨派出一路兵马拦截清军，不过这支队伍在杨铨的叮嘱下，看着本来逃跑在前，现在因为队伍方向改变，而落入后边的李自成等闯军首领，被清军围困后，这才发起进攻，在明军远中近各射程火器轰击下，清军合并包围圈里的闯军被集体歼灭。
得知这个消息，杨铨松了一口气，这时他才将手中的朱慈烺推了出来，登基为帝，朱慈烺册封杨铨为陕甘川总督，节制北方诸省兵马。
不过南方明廷，却对朱慈烺不瘟不火，南京派来的官员对朱慈烺身份也表示怀疑。
杨铨一直隐藏的势力这个时候才暴露出来，短短几年，从山西以西，南到四川，已经基本被杨铨控制，而一直以能打仗闻名的陕军，在杨铨的调教下，发挥了恐怖的战力，本来耀武扬威不可一世的清军，在攻击山西时，如同撞上了铜墙铁壁，一支支满清劲旅，纷纷折戟沉沙，无奈之下，清军只好对山西采取守势，派遣军队对南方开始进攻。
南方明军被满人一进攻，顿时兵败如山倒，河南山东接连丢失，反倒是得到明朝和杨铨补给的农民军打的有声有色。
不过随着清军深入，兵力越来越多，可由于路途漫长，清军后勤供养跟不上，北方因为战乱人烟荒芜，无处补给。造成清军过度依赖后勤。
这个时候，本来一直观望的杨铨，忽然介入战斗，本来压着农民军打的清军，如今被陕军杀得丢盔弃甲，而且陕军心狠手辣，军队过处，清军一个不留。
杨铨更是派出小队，对清军后勤开展攻击，烧毁粮草无数。
随着军队推进，陕军的速度逐渐缓慢下来，这也是无奈，近代化军队，对于粮草弹药消耗，是一个天文数字，清军粮草不足，陕军也供应不上了，正好趁着这个机会，陕军停下休整，消耗清军的剩余粮草。
休整完毕的陕军，对清军开展了最后攻击，在农民军和南明军队的帮助下，围困的四万多清军，被陕军歼灭，不过如此胜利，杨铨却依然感到愤怒，因为被围困的清军精锐有一万余人，从南明辖区，大摇大摆的逃了出去。
说这些没有阴谋，杨铨绝对不信。
不过在眼下的档口，杨铨压下了这件事，开始大范围占领清军占领地区。此时杨铨在全国兵力最多，占领地区最广的将领。
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